酶制剂
蜂蜜可能含有许多不同的酶。其中有些是由蜜蜂引入的，有些是在花蜜中发现的。与蜂蜜的大多数方面一样，不同的花蜜/蜂蜜来源的酶活性也有很大的不同。通常情况下，酶是结构复杂的蛋白质，可以催化特定的化学反应。它们对热、可见光和紫外线以及其他形式的能量（如微波）都很敏感。
在蜂蜜中的所有酶中，淀粉酶和反转酶受到最多关注。它们是由蜜蜂引入到蜂蜜中的，但它们[在新鲜蜂蜜中]的存在是可变的。影响它们存在的因素被认为是花蜜的成分和浓度，蜜蜂的年龄，以及花蜜流动的强度。例如，高浓度的花蜜流动通常会产生低值的酵母酶和转化酶。
淀粉酶
简单地说，这种酶负责将淀粉转化为糊精和糖，由蜜蜂引入蜂蜜中。它的主要关注点是作为加热的指标--与HMF很相似，通常与HMF一起使用。它是用一个经验性的量表--哥特量表来测量的。有些蜂蜜的Diastase含量自然很低。食典标准规定Diastase的最低含量为8，而Diastase含量低的蜂蜜的特殊类别为3。然而，在Diastase含量低的蜂蜜中，HMF的含量不得超过10毫克/千克（而更正常的是80毫克/千克）。
| 蜂蜜中二酯酶的半衰期 | |
|---|---|
| 20°C | 1,480天 |
| 30°C | 200天 |
| 40°C | 31天 |
| 50°C | 5.38天 |
| 60°C | 1.05天 |
| 70°C | 5.3小时 |
| 80°C | 1.2小时 |
逆转酶
逆转酶是蜂蜜中最重要的酶，它主要负责将花蜜中的蔗糖转化为葡萄糖和果糖。由于大多数成熟的蜂蜜中只有很少的蔗糖（通常少于5%），这种酶的工作在蜂蜜生命的早期就已经完成。
| 蜂蜜中反转酶的半衰期 | |
|---|---|
| 20°C | 820天 |
| 30°C | 83天 |
| 40°C | 9.6天 |
| 50°C | 1.28天 |
| 60°C | 4.7小时 |
| 70°C | 47分钟 |
| 80°C | 8.6分钟 |
葡萄糖氧化酶
葡萄糖氧化酶（GOX）与蜂蜜的抗菌性有关。它催化葡萄糖形成葡萄糖酸和过氧化氢(H2O2)--大多数蜂蜜中负责抗菌的主要物质。在不同的蜂蜜中，GOX的活性（通常以其产生的H2O2来衡量）是非常不同的。似乎GOX的活性与特定的蜂蜜来源有关，例如，山毛榉蜜露通常具有较高的活性水平。
GOX的活性会因热、光和其他形式的能量如微波而降低。有些蜂蜜在少量可见光的照射下似乎会失去GOX的活性，而其他蜂蜜在强烈的阳光照射下可以保持GOX的活性。
人们认为，GOX主要是由蜜蜂添加到蜂蜜中。有一些证据表明，这种酶至少有两个变种来自蜜蜂的不同部位--这可能解释了一些GOX对热/光等的敏感性的明显差异。GOX也可由其他各种来源产生（例如黑曲霉是商业上可获得的GOX的常见来源），在某些情况下，其中一些可能会进入蜂蜜。
葡萄糖酸是蜂蜜中的主要酸，通常占到蜂蜜酸度的大部分。葡萄糖酸和H2O2的产生在成熟的蜂蜜中是非常缓慢的，大部分的产生是在蜂蜜被蜜蜂成熟和干燥的过程中进行的。如果蜂蜜被稀释，那么这种反应又会加快。这是一个重要的因素，对蜂蜜的抗菌性有很大影响。目前，我们还没有关于GOX半衰期的公开数据，但关于其稳定性的参考资料表明，这是很不稳定的。
过氧化氢酶
过氧化氢酶在一些蜂蜜中被记录下来，它的存在被认为是来自于花蜜，即植物来源。过氧化氢酶会分解H2O2，所以它的存在会使GOX活性产生的抗菌活性下降。表观H2O2产生的一些变化有可能是由于特定植物品种的花蜜中存在或不存在过氧化氢酶造成的。